В годы войны занялась изучением японской национальной психологии. На основе собранных материалов написала знаменитую книгу "Хризантема и меч" (1946). В ней с культурно-релятивистских позиций японская культура рассматривается как иерархическая по своей сути, что предполагает точное знание каждым членом общества своего места в нем и своей роли. Автор типологизирует японскую культуру стыда, противопоставляя ее западной, прежде всего американской, культуре вины с этическим акцентом на божественных заповедях. Эта работа стала классической в культурной антропологии и зарубежном японоведении.